اولین و اصلی ترین تفاوت بین ویندوز و برنامه وب ، برنامه ویندوز بر روی یک سیستم عامل مبتنی بر ویندوز نصب می شود در حالی که برنامه وب بر روی سرور وب نصب شده است.
برنامه ویندوز فقط از سیستمی که در آن نصب شده قابل دسترسی است. از طریق سیستم از طریق هر سیستم می توان به یک برنامه وب دسترسی داشت.
برنامه های ویندوز فقط در سیستم عامل ویندوز قابل اجرا هستند. برنامه وب می تواند در سیستم عامل های مختلفی از جمله ویندوز ، مک ، لینوکس ، سولاریس ، اندروید و غیره اجرا شود.